O espaço físico é amplo e permite ventilação natural. As salas de aula são equipadas com quadro branco e projetor de imagens. As dependências reservadas para a Educação Infantil são específicas dessa faixa etária, inclusive os sanitários. O colégio possui uma quadra poliesportiva e um Ginásio de Esportes onde são desenvolvidas as aulas de educação física, dança e modalidades esportivas; nesse local, realiza-se anualmente, a maior competição esportiva escolar da Região: os Jogos da Primavera. Nesse mesmo espaço acontecem as comemorações escolares, tais como: Projeto Interdisciplinar, dia das mães e dos pais. Possui ainda uma quadra ao ar livre, pavimentada e preservada por tela. Dispõe, também, do Espaço Cultural Ir. Rosa González, Espaço Irmã Jovina, climatizado e equipado com tecnologia para acolher reuniões de pais, jornadas pedagógicas, seminários e atividades acadêmicas.
As Bibliotecas e os Laboratórios (Informática, Biologia, Química e Física) visam a atender às demandas de estudo, pesquisa e experiências, por isso, são permanentemente atualizados em seu acervo, equipamentos e materiais.
O Complexo Colégio e Faculdade Santíssimo Sacramento funciona em dois prédios interligados. No centro está localizada a Igreja Santíssimo Sacramento, lugar de celebrações litúrgicas, oásis para o encontro com Deus. Diariamente é celebrada a Eucaristia às 7h e, ao longo do dia há exposição do Santíssimo Sacramento para visita e adoração dos fiéis. No prédio onde funciona a Faculdade há uma pequena Capela dedicada a Nossa Senhora do Santíssimo Sacramento. Nela, os alunos tem a possibilidade de silenciar e rezar no meio das atividades acadêmicas.
A estrutura física do Santíssimo é considerando o edifício como um todo, é composta por 02 prédios interligados. O prédio I é o mais antigo, durante o dia é ocupado pelo Colégio e à noite pela Faculdade. Nesse mesmo espaço estão localizados os seguintes setores: 03 Laboratórios de Informática, 02 Bibliotecas, Laboratório de Biologia, Setor Administrativo, Secretaria, Coordenação Pedagógica, Diretorias, Espaço Cultural, áreas de Convivência; Sala de Música, Sala de Dança, Cantina, Parques, Brinquedoteca, Videoteca, Sala multiuso, Núcleo de Psicologia Escolar e Reprografia. Ginásio de Esportes e Quadra Poliesportiva.
São disponibilizadas 30 salas de aula preparadas e equipadas para as diferentes faixas etárias; As salas de aula são todas climatizadas e dispõe de datashow fixo.
Ao centro do prédio está localizada a Capela dedicada ao Santíssimo Sacramento com capacidade para 200 pessoas. Diariamente celebra-se a Eucaristia às 7h e ao longo do ano há um calendário próprio de celebrações com os alunos; possui ainda 02 Capelas menores, uma em cada prédio. Às quintas-feiras, dia dedicado à Eucaristia, os alunos vivem um momento especial de oração, coordenado por uma religiosa. No prédio II encontram-se os Laboratórios de Física, Química e um de Informática.
Dois parques infantis atendem a Educação Infantil e Fundamental I; ao lado desses parques o Colégio disponibiliza espaço para celebração de aniversários e áreas de convivência.
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